MUNA se encuentra en Calle Fuente Morales s/n, 38003 Santa Cruz de Tenerife, justo en el centro histórico de la ciudad, cerca de la Plaza de España.
En coche: el museo se encuentra en el centro de Santa Cruz, y se recomienda aparcar en la Plaza de España, en el Mercado de Nuestra Señora de África o a lo largo de la calle Ramón y Cajal, todos ellos a poca distancia a pie. Si vienes desde el aeropuerto de Tenerife Norte (Los Rodeos), el trayecto hasta Santa Cruz es corto, de unos 14 kilómetros y entre 10 y 15 minutos aproximadamente, dependiendo del tráfico. Desde el aeropuerto de Tenerife Sur (Reina Sofía), el trayecto es más largo por la autopista TF-1, normalmente entre 60 y 65 kilómetros y entre 40 y 45 minutos.
En transporte público: la línea 1 del Tranvía de Tenerife tiene parada en "Fundación", a pocos minutos a pie del museo, lo que convierte al tranvía en una de las formas más cómodas de llegar al MUNA desde cualquier punto de Santa Cruz o desde la cercana La Laguna. Los autobuses de TITSA también cubren ampliamente la zona, con servicios que conectan ambos aeropuertos con el Intercambiador (Meridiano), en el centro de Santa Cruz, desde donde se llega al museo tras un breve paseo a pie o un rápido trayecto en tranvía o taxi. Desde el aeropuerto de Tenerife Norte, el autobús hasta el centro tarda unos 15 minutos; desde el aeropuerto de Tenerife Sur, hay que contar con cerca de una hora, ya que el trayecto es más largo.
En taxi o en vehículo compartido: Hay taxis disponibles en ambos aeropuertos, en el puerto de cruceros y por toda Santa Cruz. Un trayecto en taxi desde el aeropuerto de Tenerife Norte hasta MUNA dura entre 10 y 15 minutos aproximadamente, mientras que desde el aeropuerto de Tenerife Sur se tarda unos 40 minutos, dada la distancia.
A pie: dado que MUNA se encuentra en pleno centro histórico, se puede llegar fácilmente a pie desde la mayoría de los hoteles del centro de Santa Cruz, desde el paseo marítimo de la Plaza de España y desde los recintos culturales vecinos, como el TEA, normalmente en unos 10 o 15 minutos.