MUNA se trouve à Rue Fuente Morales s/n, 38003 Santa Cruz de Tenerife, en plein cœur historique de la ville, à deux pas de la Plaza de España.
En voiture: le musée se trouve dans le centre-ville de Santa Cruz, et il est officiellement recommandé de se garer sur la Plaza de España, au Mercado de Nuestra Señora de África ou le long de la Calle Ramón y Cajal, tous situés à quelques minutes à pied. En venant de l'aéroport de Ténérife Nord (Los Rodeos), le trajet jusqu'à Santa Cruz est court : environ 14 kilomètres, soit entre 10 et 15 minutes selon le trafic. Depuis l'aéroport de Ténérife Sud (Reina Sofía), le trajet est plus long sur l'autoroute TF-1 : il faut compter environ 60 à 65 kilomètres et 40 à 45 minutes.
En transports en commun: la ligne 1 du Tranvía de Tenerife s'arrête à " Fundación ", à quelques minutes à pied du musée, ce qui fait du tramway l'un des moyens les plus pratiques pour rejoindre le MUNA depuis n'importe quel autre endroit de Santa Cruz ou de la ville voisine de La Laguna. Les bus TITSA desservent également très bien la région, avec des liaisons depuis les deux aéroports vers le pôle d’échange Intercambiador (Meridiano) situé dans le centre de Santa Cruz, d’où le musée n’est qu’à quelques minutes à pied ou à un court trajet en tramway ou en taxi. Depuis l’aéroport de Ténérife Nord, le trajet en bus jusqu’au centre-ville dure environ 15 minutes ; depuis l’aéroport de Ténérife Sud, il faut compter près d’une heure, car le trajet est plus long.
En taxi ou en covoiturage: on trouve facilement des taxis aux deux aéroports, au port de croisière et dans toute la ville de Santa Cruz. Le trajet en taxi entre l'aéroport de Ténérife Nord et le MUNA dure environ 10 à 15 minutes, tandis que celui depuis l'aéroport de Ténérife Sud prend plutôt 40 minutes en raison de la distance.
À pied: comme le MUNA se trouve en plein cœur du centre historique, il est facilement accessible à pied depuis la plupart des hôtels du centre de Santa Cruz, depuis les rives de la Plaza de España et depuis les lieux culturels voisins comme le TEA, généralement en 10 à 15 minutes.