A MUNA está localizada em Rua Fuente Morales, s/n, 38003 Santa Cruz de Tenerife, bem no centro histórico da cidade, perto da Praça da Espanha.
De carro: o museu fica no centro da cidade de Santa Cruz, e a recomendação oficial é estacionar na Plaza de España, no Mercado de Nuestra Señora de África ou ao longo da Calle Ramón y Cajal, todos a uma curta caminhada. Vindo do Aeroporto de Tenerife Norte (Los Rodeos), o trajeto até Santa Cruz é curto, cerca de 14 quilômetros e leva aproximadamente de 10 a 15 minutos, dependendo do trânsito. Do Aeroporto de Tenerife Sul (Reina Sofía), o trajeto é mais longo pela rodovia TF-1, geralmente cerca de 60 a 65 quilômetros e 40 a 45 minutos.
De transporte público: a Linha 1 do Tranvía de Tenerife para na estação "Fundación", a poucos minutos a pé do museu, o que torna o bonde uma das maneiras mais fáceis de chegar ao MUNA a partir de qualquer ponto de Santa Cruz ou da vizinha La Laguna. Os ônibus da TITSA também atendem amplamente à região, com linhas que ligam ambos os aeroportos ao Intercambiador (Meridiano), no centro de Santa Cruz, de onde é uma curta caminhada ou uma rápida viagem de bonde ou táxi até o museu. Do Aeroporto de Tenerife Norte, o ônibus até o centro leva cerca de 15 minutos; do Aeroporto de Tenerife Sul, reserve cerca de uma hora, já que o trajeto é mais longo.
De táxi ou em serviço de carona compartilhada: há táxis disponíveis nos dois aeroportos, no porto de cruzeiros e em toda a cidade de Santa Cruz. Uma corrida de táxi do Aeroporto de Tenerife Norte até o MUNA leva cerca de 10 a 15 minutos, enquanto uma do Aeroporto de Tenerife Sul leva cerca de 40 minutos, devido à distância.
A pé: como o MUNA fica bem no centro histórico, é fácil chegar a pé a partir da maioria dos hotéis do centro de Santa Cruz, da orla da Plaza de España e de espaços culturais vizinhos, como o TEA, geralmente em 10 a 15 minutos.